LSM6 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)

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同義遺伝子名

LSM6, Sm protein F, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6, YDR378C

発現データ

発現マップ on BodyParts3D

相対発現量を、人体 3D 画像にマップしたものです。Genechip 組織40分類 の発現パターンを使用しています。

組織40分類別データ

脳 血 結
EST 大脳:10.70 小脳:12.60 脳幹:- 脳梁:29.20 松果体:148.30 末梢神経:- 脊柱:- 網膜:118.60 目:17.60 動脈:60 静脈:- リンパ節:101.10 末梢血:- 脾臓:18.90 胸腺:- 骨髄:39.40 脂肪:- 骨:- 皮膚:14.40
GeneChip 大脳:6.34 小脳:6.87 脳幹:6.57 脳梁:6.30 松果体:- 末梢神経:6.65 脊柱:6.73 網膜:- 目:- 動脈:6.60 静脈:6.33 リンパ節:7.26 末梢血:- 脾臓:7.51 胸腺:8.05 骨髄:7.24 脂肪:7.14 骨:- 皮膚:6.82
CAGE 大脳:3.26 小脳:- 脳幹:2.86 脳梁:3.07 松果体:3.19 末梢神経:- 脊柱:3.33 網膜:- 目:- 動脈:3.41 静脈:3.62 リンパ節:3.72 末梢血:- 脾臓:3.63 胸腺:3.64 骨髄:- 脂肪:3.33 骨:- 皮膚:-
RNA-seq 大脳:3.73 小脳:- 脳幹:- 脳梁:- 松果体:- 末梢神経:- 脊柱:- 網膜:- 目:- 動脈:- 静脈:- リンパ節:4.20 末梢血:- 脾臓:- 胸腺:- 骨髄:- 脂肪:5.20 骨:- 皮膚:-
殖 筋 消 肝 肺 腎 泌
EST 子宮:18.20 胎盤:7.30 前立腺:56.30 卵巣:37.30 精巣:21.60 心臓:76.60 骨格筋:- 食道:- 胃:21.20 腸:- 結腸:8.50     肝臓:-        肺:29.30    膀胱:- 腎臓:31.20 下垂体:116 甲状腺:- 副腎:- 膵臓:35.60 乳腺:- 唾液腺:-
GeneChip 子宮:7.04 胎盤:6.85 前立腺:7.68 卵巣:7.20 精巣:7.31 心臓:6.71 骨格筋:6.40 食道:6.91 胃:6.86 腸:6.73 結腸:7.24 肝臓:6.70 肺:7.11 膀胱:- 腎臓:6.83 下垂体:6.67 甲状腺:6.91 副腎:6.79 膵臓:6.05 乳腺:6.91 唾液腺:6.83
CAGE 子宮:3.15 胎盤:3.32 前立腺:3.14 卵巣:3.21 精巣:3.27 心臓:3.32 骨格筋:3.16 食道:2.89 胃:- 腸:3.32 結腸:3.41     肝臓:3.25    肺:3.46 膀胱:3.15 腎臓:3.12 下垂体:3.36 甲状腺:3.05 副腎:- 膵臓:3.52 乳腺:3.56 唾液腺:3.40
RNA-seq 子宮:- 胎盤:- 前立腺:4.59 卵巣:5.04 精巣:5.64 心臓:2.91 骨格筋:3.35 食道:- 胃:- 腸:- 結腸:4.85     肝臓:3.50        肺:4.53    膀胱:- 腎臓:3.84 下垂体:- 甲状腺:4.50 副腎:4.90 膵臓:- 乳腺:4.91 唾液腺:-

詳細情報

IDs

Refseq ID NM_007080
Gene ID 11157
Unigene ID Hs.190520
Probe set ID 205036_at  [HG-U133_Plus_2]
Ensembl ID ENSG00000164167
GTEx ID ENSG00000164167

オーソログ対応遺伝子

マウス[1]  NM_001191004, NM_030145
ラット[1]  NM_001126085, NM_030145

染色体

4q31.22  [147,096,837  -  147,121,152]

遺伝子ファミリー (Interpro ID)

IPR001163  Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain
IPR006649  Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain, eukaryotic/archaea-type

Link to Pubmed  (Pubmed ID)

10369684
10523320
10851237
11920408
12477932
12515382
15231747
15489334
19615732
21832049
21890473
22365833
22939629
23667531
24825905

遺伝子オントロジー  (GO ID)

Biological Process

GO:0043928  exonucleolytic nuclear-transcribed mRNA catabolic process involved in deadenylation-dependent decay
GO:0010467  gene expression
GO:0016071  mRNA metabolic process
GO:0006397  mRNA processing
GO:0000288  nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay
GO:0016070  RNA metabolic process
GO:0008380  RNA splicing
GO:0006364  rRNA processing
GO:0008033  tRNA processing

Cellular Component

GO:0005829  cytosol
GO:0030532  small nuclear ribonucleoprotein complex
GO:0005681  spliceosomal complex

Molecular Function

GO:0005515  protein binding
GO:0003723  RNA binding