collagen, type XVI, alpha 1

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同義遺伝子名

collagen, type XVI, alpha 1, COL16A1, 447AA, Collagen alpha-1(XVI) chain precursor, FP1572

発現データ

発現マップ on BodyParts3D

相対発現量を、人体 3D 画像にマップしたものです。Genechip 組織40分類 の発現パターンを使用しています。

組織40分類別データ

脳 血 結
EST 大脳:27.30 小脳:- 脳幹:- 脳梁:- 松果体:148.30 末梢神経:153.40 脊柱:786.10 網膜:- 目:76.40 動脈:89.90 静脈:- リンパ節:- 末梢血:- 脾臓:- 胸腺:- 骨髄:- 脂肪:40.30 骨:115.20 皮膚:38.40
GeneChip 大脳:7.47 小脳:6.62 脳幹:7.67 脳梁:8.26 松果体:- 末梢神経:7.48 脊柱:7.86 網膜:- 目:- 動脈:7.92 静脈:8.16 リンパ節:6.57 末梢血:- 脾臓:6.16 胸腺:5.97 骨髄:4.54 脂肪:7 骨:- 皮膚:7.37
CAGE 大脳:2.58 小脳:- 脳幹:2.71 脳梁:3.10 松果体:3.34 末梢神経:- 脊柱:3.23 網膜:- 目:- 動脈:4.39 静脈:2.87 リンパ節:1.68 末梢血:- 脾臓:1.60 胸腺:1.38 骨髄:- 脂肪:3.59 骨:- 皮膚:-
RNA-seq 大脳:1.52 小脳:- 脳幹:- 脳梁:- 松果体:- 末梢神経:- 脊柱:- 網膜:- 目:- 動脈:- 静脈:- リンパ節:2.13 末梢血:- 脾臓:- 胸腺:- 骨髄:- 脂肪:2.72 骨:- 皮膚:-
殖 筋 消 肝 肺 腎 泌
EST 子宮:45.60 胎盤:21.90 前立腺:11.30 卵巣:149.10 精巣:73.50 心臓:114.90 骨格筋:- 食道:- 胃:63.70 腸:32.40 結腸:42.40     肝臓:-        肺:58.70    膀胱:- 腎臓:10.40 下垂体:232 甲状腺:- 副腎:- 膵臓:- 乳腺:27.90 唾液腺:-
GeneChip 子宮:8.39 胎盤:6.31 前立腺:7.51 卵巣:7.78 精巣:7.22 心臓:6.80 骨格筋:5.39 食道:6.59 胃:7.09 腸:6.81 結腸:6.88 肝臓:5.49 肺:6.89 膀胱:- 腎臓:5.69 下垂体:6.38 甲状腺:7.43 副腎:7 膵臓:5.89 乳腺:7.81 唾液腺:6.84
CAGE 子宮:4.54 胎盤:2.64 前立腺:4.14 卵巣:4.40 精巣:3.20 心臓:2.71 骨格筋:2.05 食道:2.99 胃:- 腸:2.39 結腸:3.28     肝臓:0.55    肺:2.71 膀胱:3.93 腎臓:2.08 下垂体:1.91 甲状腺:3.15 副腎:- 膵臓:1.42 乳腺:3.02 唾液腺:2.43
RNA-seq 子宮:- 胎盤:- 前立腺:3.29 卵巣:4.84 精巣:3.59 心臓:0.83 骨格筋:0.59 食道:- 胃:- 腸:- 結腸:2.78     肝臓:0.15        肺:2.14    膀胱:- 腎臓:1.53 下垂体:- 甲状腺:3.13 副腎:2.32 膵臓:- 乳腺:2.70 唾液腺:-

詳細情報

IDs

Refseq ID NM_001856
Gene ID 1307
Unigene ID Hs.368921
Probe set ID 204345_at  [HG-U133_Plus_2]
Ensembl ID ENSG00000084636
GTEx ID ENSG00000084636

オーソログ対応遺伝子

マウス[1]  NM_028266
ラット[1]  NM_001015033

染色体

1p35.2  [32,117,848  -  32,169,920]

遺伝子ファミリー (Interpro ID)

-

Link to Pubmed  (Pubmed ID)

1284248
1631157
7836360
7882999
9022684
12477932
12782140
15165854
16710414
16754661
17549794
18804107
19913121
19931388
20628086
21251976
22716248
23149016

遺伝子オントロジー  (GO ID)

Biological Process

GO:0007155  cell adhesion
GO:0071230  cellular response to amino acid stimulus
GO:0030574  collagen catabolic process
GO:0022617  extracellular matrix disassembly
GO:0030198  extracellular matrix organization
GO:0007565  female pregnancy
GO:0007229  integrin-mediated signaling pathway

Cellular Component

GO:0005597  collagen type XVI
GO:0005788  endoplasmic reticulum lumen
GO:0005576  extracellular region

Molecular Function

GO:0005178  integrin binding
GO:0005515  protein binding