small nuclear ribonucleoprotein 40kDa (U5)

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同義遺伝子名

U5 snRNP-specific 40 kDa protein, SPF38, MGC1910, hPRP8BP, PRPF8BP, 40K, FLJ41108, PRP8BP, WDR57, 38 kDa-splicing factor, SFP38, RP11-490K7.3, WD repeat domain 57 (U5 snRNP specific), Prp8-binding protein, WD repeat protein 57

発現データ

発現マップ on BodyParts3D

相対発現量を、人体 3D 画像にマップしたものです。Genechip 組織40分類 の発現パターンを使用しています。

組織40分類別データ

脳 血 結
EST 大脳:20.10 小脳:12.60 脳幹:- 脳梁:29.20 松果体:- 末梢神経:- 脊柱:- 網膜:- 目:29.40 動脈:30 静脈:- リンパ節:50.60 末梢血:36.40 脾臓:18.90 胸腺:25.80 骨髄:19.70 脂肪:- 骨:12.80 皮膚:57.60
GeneChip 大脳:6.26 小脳:6.60 脳幹:6.36 脳梁:6.43 松果体:- 末梢神経:6.40 脊柱:6.61 網膜:- 目:- 動脈:6.13 静脈:6.45 リンパ節:6.41 末梢血:- 脾臓:6.20 胸腺:6.89 骨髄:6.59 脂肪:6.48 骨:- 皮膚:6.31
CAGE 大脳:3.36 小脳:- 脳幹:3.81 脳梁:3.91 松果体:3.08 末梢神経:- 脊柱:3.56 網膜:- 目:- 動脈:3.16 静脈:3.71 リンパ節:3.64 末梢血:- 脾臓:3.62 胸腺:4.07 骨髄:- 脂肪:3.55 骨:- 皮膚:-
RNA-seq 大脳:3.15 小脳:- 脳幹:- 脳梁:- 松果体:- 末梢神経:- 脊柱:- 網膜:- 目:- 動脈:- 静脈:- リンパ節:3.82 末梢血:- 脾臓:- 胸腺:- 骨髄:- 脂肪:3.75 骨:- 皮膚:-
殖 筋 消 肝 肺 腎 泌
EST 子宮:45.60 胎盤:40.10 前立腺:11.30 卵巣:74.50 精巣:38.90 心臓:12.80 骨格筋:- 食道:- 胃:42.50 腸:64.80 結腸:17     肝臓:52.80        肺:19.60    膀胱:251.20 腎臓:20.80 下垂体:232 甲状腺:- 副腎:50.80 膵臓:8.90 乳腺:27.90 唾液腺:-
GeneChip 子宮:6.47 胎盤:6.31 前立腺:6.47 卵巣:6.47 精巣:6.98 心臓:6.35 骨格筋:6.21 食道:6.53 胃:6.15 腸:6.21 結腸:6.36 肝臓:5.54 肺:6.24 膀胱:- 腎臓:6.31 下垂体:6.80 甲状腺:6.40 副腎:6.40 膵臓:6.25 乳腺:6.42 唾液腺:6.42
CAGE 子宮:3.63 胎盤:3.42 前立腺:3.54 卵巣:3.77 精巣:4.00 心臓:3.41 骨格筋:3.46 食道:3.42 胃:- 腸:3.17 結腸:3.34     肝臓:3.30    肺:3.17 膀胱:3.46 腎臓:3.38 下垂体:3.59 甲状腺:3.62 副腎:- 膵臓:2.98 乳腺:3.52 唾液腺:3.29
RNA-seq 子宮:- 胎盤:- 前立腺:4.07 卵巣:4.56 精巣:4.50 心臓:2.59 骨格筋:3.16 食道:- 胃:- 腸:- 結腸:3.38     肝臓:3.04        肺:3.53    膀胱:- 腎臓:3.75 下垂体:- 甲状腺:3.86 副腎:4.10 膵臓:- 乳腺:3.45 唾液腺:-

詳細情報

IDs

Refseq ID NM_004814
Gene ID 9410
Unigene ID Hs.33962
Probe set ID 215905_s_at  [HG-U133_Plus_2]
Ensembl ID ENSG00000060688
GTEx ID ENSG00000060688

オーソログ対応遺伝子

マウス[2]  NM_025645
ラット [0]  

染色体

1p35.2  [31,732,417  -  31,769,662]

遺伝子ファミリー (Interpro ID)

IPR020472  G-protein beta WD-40 repeat, region
IPR001680  WD40 repeat
IPR019782  WD40 repeat 2
IPR019781  WD40 repeat, subgroup
IPR011046  WD40 repeat-like-containing domain
IPR017986  WD40-repeat-containing domain
IPR015943  WD40/YVTN repeat-like-containing domain

Link to Pubmed  (Pubmed ID)

2479028
9731529
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10788320
11971955
11991638
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12477932
15489334
15506927
16159877
16169070
16429158
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16723661
17041588
17353931
18029348
18212063
19322201
19615732
20360068
21139048
21832049
21890473
21963094
22174317
22939629
22990118
23000965
23084401
23455491
23602568
24332808
24457600
24816145

遺伝子オントロジー  (GO ID)

Biological Process

GO:0010467  gene expression
GO:0000398  nuclear mRNA splicing, via spliceosome
GO:0006396  RNA processing
GO:0008380  RNA splicing
GO:0000375  RNA splicing, via transesterification reactions

Cellular Component

GO:0071013  catalytic step 2 spliceosome
GO:0005737  cytoplasm
GO:0005730  nucleolus
GO:0005654  nucleoplasm
GO:0005634  nucleus
GO:0005732  small nucleolar ribonucleoprotein complex
GO:0005682  U5 snRNP

Molecular Function

GO:0005515  protein binding