LSM2 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)

同義遺伝子名

Small nuclear ribonuclear protein D homolog, Protein G7b, G7b, snRNP core Sm-like protein Sm-x5, YBL026W, snRNP, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2, chromosome 6 open reading frame 28, C6orf28, LSm2, LSM2

正常組織・臓器 40分類
細胞株・初代培養細胞・成体組織・胎児組織 (FANTOM5 CAGE)

発現マップ on BodyParts3D

相対発現量を、人体 3D 画像にマップしたものです。Genechip 組織40分類の発現パターンを使用しています。

組織40分類別データ

脳

血

結

EST

大脳:16.60

小脳:-

脳幹:-

脳梁:-

松果体:-

末梢神経:-

脊柱:-

網膜:-

目:58.80

動脈:60

静脈:-

リンパ節:60.70

末梢血:-

脾臓:-

胸腺:12.90

骨髄:-

脂肪:40.30

骨:-

皮膚:-

GeneChip

大脳:6.09

小脳:6.44

脳幹:6.09

脳梁:6.59

松果体:-

末梢神経:6.30

脊柱:6.31

網膜:-

目:-

動脈:6.40

静脈:6.58

リンパ節:6.84

末梢血:-

脾臓:6.63

胸腺:7.18

骨髄:6.58

脂肪:6.61

骨:-

皮膚:6.59

CAGE

大脳:3.45

小脳:-

脳幹:3.46

脳梁:3.44

松果体:3.46

末梢神経:-

脊柱:4.04

網膜:-

目:-

動脈:3.70

静脈:4.10

リンパ節:3.94

末梢血:-

脾臓:3.79

胸腺:4.48

骨髄:-

脂肪:3.78

骨:-

皮膚:-

RNA-seq

大脳:3.35

小脳:-

脳幹:-

脳梁:-

松果体:-

末梢神経:-

脊柱:-

網膜:-

目:-

動脈:-

静脈:-

リンパ節:4.86

末梢血:-

脾臓:-

胸腺:-

骨髄:-

脂肪:3.95

骨:-

皮膚:-

殖

筋

消

肝

肺

腎

泌

EST

子宮:27.30

胎盤:14.60

前立腺:11.30

卵巣:-

精巣:17.30

心臓:102.20

骨格筋:40.20

食道:-

胃:-

腸:-

結腸:-

肝臓:42.20

肺:34.20

膀胱:-

腎臓:20.80

下垂体:-

甲状腺:163.70

副腎:-

膵臓:35.60

乳腺:-

唾液腺:-

GeneChip

子宮:6.96

胎盤:6.33

前立腺:6.23

卵巣:6.94

精巣:6.89

心臓:6.40

骨格筋:6.12

食道:6.71

胃:6.44

腸:6.44

結腸:6.96

肝臓:5.85

肺:6.53

膀胱:-

腎臓:6.33

下垂体:6.23

甲状腺:6.73

副腎:6.15

膵臓:6.17

乳腺:6.95

唾液腺:5.86

CAGE

子宮:3.82

胎盤:3.56

前立腺:3.77

卵巣:3.69

精巣:3.81

心臓:3.67

骨格筋:3.55

食道:3.84

胃:-

腸:3.33

結腸:3.91

肝臓:3.28

肺:3.84

膀胱:3.85

腎臓:3.38

下垂体:3.31

甲状腺:3.83

副腎:-

膵臓:3.61

乳腺:3.64

唾液腺:3.11

RNA-seq

子宮:-

胎盤:-

前立腺:4.94

卵巣:4.55

精巣:4.64

心臓:3.37

骨格筋:4.35

食道:-

胃:-

腸:-

結腸:4.40

肝臓:3.44

肺:4.60

膀胱:-

腎臓:4.34

下垂体:-

甲状腺:3.61

副腎:4.40

膵臓:-

乳腺:3.88

唾液腺:-

IDs

Refseq ID	NM_021177
Gene ID	57819
Unigene ID	Hs.103106
Probe set ID	209449_at [HG-U133_Plus_2]
Ensembl ID	ENSG00000172850 ENSG00000204392 ENSG00000224979 ENSG00000225998 ENSG00000231502 ENSG00000236826
GTEx ID	ENSG00000172850 ENSG00000204392 ENSG00000224979 ENSG00000225998 ENSG00000231502 ENSG00000236826

オーソログ対応遺伝子

マウス[2]	NM_001110101, NM_001204273, NM_030597
ラット[2]	NM_001110101, NM_001204273, NM_030597

染色体

HSCHR6_MHC_APD [31,776,526 - 31,786,115]

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- -5kb から +5kb の範囲
- -10kb から +10kb の範囲

HSCHR6_MHC_QBL [31,755,421 - 31,765,001]

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- -5kb から +5kb の範囲
- -10kb から +10kb の範囲

HSCHR6_MHC_COX [31,752,537 - 31,762,128]

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- -5kb から +5kb の範囲
- -10kb から +10kb の範囲

6p21.33 [31,765,173 - 31,774,761]

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- -5kb から +5kb の範囲
- -10kb から +10kb の範囲

HSCHR6_MHC_MCF [31,841,473 - 31,851,062]

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- -5kb から +5kb の範囲
- -10kb から +10kb の範囲

HSCHR6_MHC_DBB [31,747,358 - 31,756,947]

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- -5kb から +5kb の範囲
- -10kb から +10kb の範囲

遺伝子ファミリー (Interpro ID)

IPR001163	Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain
IPR006649	Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain, eukaryotic/archaea-type
IPR016654	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

GO:0043928	exonucleolytic nuclear-transcribed mRNA catabolic process involved in deadenylation-dependent decay
GO:0010467	gene expression
GO:0016071	mRNA metabolic process
GO:0000398	nuclear mRNA splicing, via spliceosome
GO:0000288	nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay
GO:0016070	RNA metabolic process
GO:0008380	RNA splicing

GO:0071013	catalytic step 2 spliceosome
GO:0005829	cytosol
GO:0005654	nucleoplasm
GO:0005634	nucleus

GO:0005515	protein binding
GO:0019901	protein kinase binding
GO:0017070	U6 snRNA binding

LSM2 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)

同義遺伝子名

発現データ

発現マップ on BodyParts3D

組織40分類別データ

詳細情報

IDs

オーソログ対応遺伝子

染色体

遺伝子ファミリー (Interpro ID)

Link to Pubmed (Pubmed ID)

遺伝子オントロジー (GO ID)

Biological Process

Cellular Component

Molecular Function